Emilio Aguinaldo sinh ngày 23 tháng 3 năm 1869[lower-alpha 1] tại Cavite el Viejo (nay là Kawit), thuộc tỉnh Cavite, là con của Carlos Aguinaldo y Jamir và Trinidad Famy, một cặp đôi người lai Tagalog-Hoa có tám con, Emilio là con thứ bảy. Gia đình Aguinaldo khá sung túc do cha ông được cộng đồng bổ nhiệm làm khu trưởng trong chính quyền thực dân Tây Ban Nha. Ông theo học tại Học viện San Juan de Letran song không hoàn thành khóa học do bệnh tả.

Emilio trở thành "Cabeza de Barangay" của Binakayan, một khu vực chính yếu của Cavite el Viejo, vào năm 17 tuổi để tránh phải thực hiện nghĩa vụ quân sự.

Năm 1895, Luật Maura về tái tổ chức chính quyền địa phương được ban hành. Ở tuổi 25, Aguinaldo trở thành khu trưởng đầu tiên của Cavite Viejo trong khi đang trong một chuyến đi kinh doanh tại Mindoro.

Năm 1896, ông kết hôn với Hilaria del Rosario (1877–1921). Họ có năm người con là: Carmen Aguinaldo Melencio, Emilio Aguinaldo, Jr, Maria Aguinaldo Poblete, Cristina Aguinaldo Suntay và Miguel Aguinaldo.